1973年11月，木垒哈萨克自治县防疫站成立，2003年7月更名为木垒哈萨克自治县疾病预防控制中心（以下简称木垒县疾控中心），为木垒县人民政府负责管理和落实疾病预防控制工作的部门。木垒县疾控中心担负着全县人民群众的疾病预防控制，开展卫生宣传教育与健康促进活动等职责，具备一定的疾病防治、监测、检验及突发公共卫生事件的应急处置能力。木垒县疾控中心内设办公室、疾控科、地方病科、结核病防治科、性艾科、检验科、慢性病防治科、财务科、质管科、总务后勤科10个科室。

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